หลังจากที่ทัพของเจ้าพระยาบดินทรเดชา (สิงห์) ถอยมาอยู่ที่เมืองพระตะบองแล้วนั้น เจ้าพระยาอภัยภูเบศร (เชด) ถึงแก่อสัญกรรม พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าฯจึงมีพระราชโองการให้ตั้งนักองค์อิ่มขึ้นปกครองเมืองพระตะบองแทนที่เจ้าพระยาอภัยภูเบศร เจ้าพระยาบดินทรเดชาฯจึงเดินทางกลับกรุงเทพฯในเดือนหก การล่าถอยของสยามในสงครามปีพ.ศ. 2377 ทำให้เวียดนามเข้ามามีอำนาจในอาณาจักรกัมพูชาอย่างเต็มที่นักองค์จันทร์กลับมาครองกัมพูชาดังเดิม ในปลายปีพ.ศ. 2378 เจืองมิญสางแม่ทัพญวนสามารถเข้ายึดเมืองไซ่ง่อนจากกบฏเลวันโคยได้สำเร็จ การกบฏของเลวันโคยสิ้นสุดลงทำให้เวียดนามสามารถมุ่งความสนใจมาที่กัมพูชาได้อย่างเต็มที่

พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าฯโปรดฯให้เจ้าพระยาธรรมาธิกรณ์ (สมบุญ) กลับไปจัดการเรื่องเมืองพวนและเมืองหัวพันห้าทั้งหกอีกครั้ง เมื่อฝ่ายสยามเข้าครองเมืองพวนอาณาจักรเชียงขวางแล้ว เห็นว่าอาณาจักรเชียงขวางเป็นเมืองห่างไกลป้องกันยาก หากเวียดนามเข้าโจมตีอีกครั้งจะไม่สามารถป้องกันได้และจะยึดเชียงขวางเป็นเส้นทางเสบียง เจ้าพระยาธรรมาธิกรณ์จึงให้ปลัดเมืองพิษณุโลกและยกกระบัตรเมืองสุโขทัยกวาดต้อนเจ้าสานเมืองพวน ชาวเมืองพวน ชาวไทพวนจากเมืองพวนทั้งหมดสิ้นมาไว้ที่เมืองน่าน แพร่ ศรีสัชนาลัย พิชัย พิจิตร พิษณุโลก และเพชรบูรณ์[2] ทำให้อาณาจักรเชียงขวางกลายเป็นเมืองรกร้างปราศจากผู้คน เจ้าพระยาธรรมาธิกรณ์ให้เพี้ยอรรคฮาตไปเกลี้ยกล่อมชาวไทดำไทแดงอีกครั้ง นำตัวแทนจากเมืองเหียม เมืองหัวเมือง เมืองซวน และเมืองซำเหนือ มาพบกับเจ้าพระยาธรรมาธิกรณ์ที่หลวงพระบาง บรรดาหัวเมืองของเมืองหัวพันฯจึงยินยอมเข้ามาอยู่ภายใต้อำนาจของสยาม โดยขึ้นกับอาณาจักรหลวงพระบาง ฝ่ายเวียดนามจักรพรรดิมิญหมั่งเมื่อเห็นว่าสยามกวาดต้อนชาวไทพวนเชียงขวางไปจนหมดสิ้น บ้านเมืองว่างเปล่า จึงแต่งตั้งเจ้าโปซึ่งเป็นบุตรชาวของเจ้าน้อยมาครองเมืองพวน รวบรวมชาวไทพวนที่ยังคงหลงเหลืออยู่ตั้งเป็นบ้านเมืองขึ้นใหม่

หลังจากสงครามฝ่ายสยามมีการเตรียมการรับมือศึกเวียดนามที่อาจจะยกมารุกเป็นการตอบแทน พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าฯทรงให้มีการเตรียมการรับมือข้าศีกเวียดนามดังนี้;

• ให้เจ้าพระยาพระคลัง (ดิศ) นำกำลังชาวจีนต่อเรือแบบญวนขึ้นแปดสิบลำ
• ให้จมื่นไวยวรนาถ (ช่วง บุนนาค) ต่อเรือกำปั่นขึ้นสองลำ
• ให้เจ้าพระยาพระคลังไปรื้อกำแพงเมืองจันทบุรีลงแล้วสร้างป้อมปราการขึ้นใหม่
• ให้กรมหลวงรักษ์รณเรศทรงสร้างป้อมเมืองฉะเชิงเทราและป้อมคงกระพัน (ตำบลปากคลองปลากด อำเภอพระสมุทรเจดีย์ จังหวัดสมุทรสงคราม)
• พ.ศ. 2379 ให้เจ้าพระยาบดิทรเดชา พระมหาเทพ (ป้อม) และพระพิเรนทรเทพ (ขำ) เดิมคือพระราชวรินทร์ เดินทางไปสำรวจกำลังพลจัดทำบัญชีหัวเมืองเขมรป่าดงและภาคอีสานเพื่อเตรียมกำลังสำหรับสงคราม
• ให้เจ้าพระยาบดินทรเดชาฯบูรณะปรับปรุงสร้างกำแพงเมืองพระตะบองขึ้นใหม่
• ให้พระยาราชสุภาวดี (โต) บูรณะกำแพงเมืองเสียมราฐ

พระอุไทยราชานักองค์จันกษัตริย์กัมพูชาสวรรคตเมื่อเดือนสองพ.ศ. 2377 นักองจันทร์ไม่มีโอรสมีแต่ธิดาสี่องค์ได้แก่ องค์แบน องค์มี องค์สงวน และองค์โพธิ์ พระจักรพรรดิมิญหมั่งจึงตั้งองค์มีธิดาของพระอุไทยราชานักองค์จันขึ้นเป็นกษัตรีครองอาณาจักรกัมพูชาแต่ในฐานะหุ่นเชิดเท่านั้น เจืองมิญสางทูลเสนอพระจักรพรรดิมิญหมั่งให้ผนวกกัมพูชาเข้ากับเวียดนามปกครองโดยตรง ในพ.ศ. 2378 พระจักรพรรดิมิญหมั่งจึงทรงยุบรวมอาณาจักรกัมพูชาเข้ามาปกครองโดยตรงกลายเป็น "มณฑลเจิ๊นเต็ย" (Trấn Tây, 鎮西) และแต่งตั้งเจืองมิญสางเป็นเจิ๊นเตยเตื๊องเกวิน (Trấn Tây tướng quân, 鎭西將軍) หรือผู้บัญชาการทหารแห่งเจิ๊นเต็ยเป็นที่มาของชื่อ "องเตียนกุน" (Ông Tương Quân, 翁將軍) เมืองพนมเปญซึ่งญวนเรียกว่าเมืองนามวัง (Nam Vang, 南榮) หรือเมืองเจิ๊นเต็ยถ่าญ (Trấn Tây Thành, 鎮西城) เป็นศูนย์กลางการปกครองของเวียดนามในกัมพูชา พระจักรพรรดิมิญหมั่งและเจืองมิญสางมีนโยบาลกลืนชาติกัมพูชาให้ชาวกัมพูชาเข้าสู่วัฒนธรรมขงจื๊อและแต่งกายแบบญวน เจืองมิญสางให้มีการฝึกทหารกัมพูชาและเวียดนามในเมืองพนมเปญเพื่อเตรียมรับมือทัพสยาม

เมื่อกัมพูชาอยู่ภายใต้การปกครองของเวียดนามโดยมีเจ้าสตรีเป็นหุ่นเชิด นักองค์อิ่มและนักองค์ด้วงจึงมีความคิดที่จะแปรพักตร์ไปเข้ากับฝ่ายญวนเพื่อให้ญวนตั้งขึ้นครองกัมพูชา "องเตียนกุน"เจืองมิญสางมีหนังสือลับมาถึงนักองค์อิ่มเกลี้ยกล่อมให้นักองค์อิ่มแปรพักตร์ เดือนสิบสอง (พฤศจิกายน) ปีพ.ศ. 2381 นักองค์ด้วงรวบรวมกำลังพลกัมพูชาในเมืองพระตะบองเพื่อเตรียมยกไปสวามิภักดิ์กับญวนที่พนมเปญ พระยาปลัดเมืองพระตะบอง (รศ) จึงจับคุมตัวนักองค์ด้วงส่งมายังกรุงเทพฯแล้วจำคุกไว้ ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2381 นักองค์อิ่มยึดอำนาจในเมืองพระตะบองจับตัวพระยาปลัดเมืองพระตะบอง (รศ) รวมทั้งกรมการข้าราชการฝ่ายสยามและกวาดต้อนชาวเมืองพระตะบองเดินทางไปยังเมืองพนมเปญเพื่อสวามิภักดิ์ต่อเจืองมิญสาง เจืองมิญสางให้ประหารชีวิตกรมการผู้น้อยฝ่ายสยามที่เมืองพนมเปญ แล้วจับกุมนักองค์อิ่มและพระยาปลัดเมืองฯ (รศ) ส่งไปที่เมืองเว้ เจ้าพระยาบดินทรเดชาฯทราบข่าวเมื่อเดือนมกราคมพ.ศ. 2382 จึงรีบเดินทางไปยังเมืองพระตะบองและเกณฑ์กำลังจากเขมรป่าดงเข้ามารักษาเมืองพระตะบอง

เดือนสิบ (กันยายน) พ.ศ. 2383 พระยาสังคโลกเจ้าเมืองโพธิสัตว์เข้าสวามิภักดิ์ต่อเจ้าพระยาบดินทรเดชาฯ แจ้งสถานการณ์ของกัมพูชาว่าฝ่ายญวนกดขี่ขุนนางกัมพูชาอย่างมากและองเตียนกุนกำลังเตรียมทัพมาตีเมืองพระตะบอง บรรดาขุนนางเขมรต้องการให้นักองค์ด้วงมาครองกัมพูชา เจ้าพระยาบดินทรเดชาฯจึงเกณฑ์กำลังพลจากเขมรป่าดงและอีสานมาเตรียมการสำหรับสงครามครั้งใหม่ ปลายปีพ.ศ. 2383 เมืองกัมพูชาลุกฮือขึ้นต่อต้านการปกครองของเวียดนามขึ้นทุกเมือง ดั่ยนามถึกหลุกกล่าวถึงการลุกฮือของชาวกัมพูชาชื่อว่าเลิมเซิม (Lâm Sâm) ในเวียดนามภาคใต้ พระจักรพรรดิมิญหมั่งพระราชโองการให้เจืองมิญสาง เหงียนกงจื๊อ (Nguyễn Công Trứ, 阮公著) และเหงียนเที้ยนเลิม (Nguyễn Tiến Lâm, 阮進林) นำทัพเข้าปราบการลุกฮือของกัมพูชา และให้ปลดนักองค์มีออกราชสมบัติให้เนรเทศนักองค์รวมทั้งพระขนิษฐาสององค์ไปที่เมืองเว้